Polemikat që lindën pas konferencës me biznesin e huaj ku kryeministri dëgjoi ankesat e sipërmarrjes për vështirësitë dhe klimën e disfavorshme për të investuar çuan ujë në një nga institucionet që gjeneron pengesat më të mëdha në raportet e shtetit me sektorin privat dhe burimin e tensionit që ekziston mes dy palëve. Më shumë se kuadri fiskal apo problemet që lidhen me garancitë juridike dhe ato të pronësisë Shqipëria po vuan keqpërdorimin dhe arbitraritetin e administratës tatimore. Ka disa fakte të pakundërshtueshme për këtë. Rastet që kanë si objekt padie ankimimet ndaj vendimeve të administratës së tatimeve janë ato që kryesojnë proceset gjyqësore në Gjykatën Administrative të Shkallës së Parë në Tiranë. http://www.monitor.al/gjykata-administrative-lum-ankesash-nga-biznesi-per-tatimet/. Sjellja arbitrare e administratës tatimore është një nga shqetësimet kryesore  që ka shprehur përfaqësuesi i FMN për Shqipërinë Jens Reinke gjatë një interviste për News 24.  “Një nga ato fusha ku ka vend për përmirësime është pikërisht administrata tatimore. Nuk janë duke folur këtu për grumbullimin e të ardhurave, por për ndërveprime dhe bashkëpunimin me sektorin privat”-theksoi shefi i FMN-së.http://www.balkanweb.com/site/perfaqesuesi-i-fmn-cfare-kuptova-une-nga-takimi-i-rames-me-biznesin. Shembulli më tipik i korrupsionit ku është zhytur administratën tatimore rasti  i ish-drejtorit Rajonal i Tatimeve të Tiranës Androkli Kokthi. Ai u arrestua në fillim të vitit, pasi kishte shfuqizuar procesverbalin e konfiskimit të mallit, i cili rezultonte pa faturë tatimore, duke ia kthyer sërish subjektit, që zhvillonte aktivitetin tregtar në fushën e pjesëve të këmbimit për automjete. Nga hetimet rezultoi se në regjistrin e protokollit nuk u gjet numri i protokollit të shkresës së lëshuar nga Drejtori i Tatimeve për shfuqizimin e konfiskimit të mallit.http://www.shekulli.com.al/p.php?id=391633. Drejtorinë e Përgjithshme e Tatimeve operon me një trup punonjësish të pakualifikuar, çka reflekton edhe dobësitë e vërejtura edhe nga misioni i FMN. KLSH ka raportuar se për periudhën e auditimit u konstatuan se janë punësuar 70 punonjës të rinj të cilët jo në të gjitha rastet plotësojnë kriteret për pozicionet në të cilat janë punësuar. “Janë konstatuar procedura fiktive konkurimi duke kompromentuar rezultatet fituese të këtyre pozicioneve”-thuhet në raportin e KLSH-së . http://www.monitor.al/klsh-tatimet-penguan-auditin-e-sistemit-te-vleresimit-te-riskut/. Po ashtu për Drejtorinë e Përgjithshme të Tatimeve ka akuza se operon me një standard të ndryshëm nga ai që parashikon ligji për aksesin në informacion. “Nuk ka ndodhur ndonjehere me pare qe nje institucion te injoroje kerkesa zyrtare per informacion te gazetareve. Administrata Tatimore e ben vazhdimisht pa patur frike nga ligji”-thekson në një koment të tij gazetari i Departamentit të Ekonomisë në Top Channel, Klodian Tomorri.  Drejtoria e Përgjithshme e Tatimeve është akuzuar zyrtarisht nga Kontrolli i Lartë i Shtetit se penguar auditimin e sistemit të vlerësimit të riskut dhe IT. Ka dy tre muaj qe Ministri Ahmetaj apo zv. ministrja Beqiraj (dje ne studion e Neës24 hera e fundit) lavderojne rolin e sistemit te riskut. Ne fakt, askush deri me sot nuk di se cfare realizon ky sistem risku. Perkundrazi ka dyshime se ky sistem i parealizuar por i reklamuar si pjese e sistemit e-tax, nuk realizon asgje por thjesht eshte nje menyre e re per te percaktuar bizneset per kontroll sipas deshires se drejtoreve tatimore. Ne momentin qe flasim DPT eshte ne hetim per sistemet IT nga ana e KLSH dhe ka te dhena qe sistemi i riskut eshte gjetur i parealizuar.