Deja (ose Danja) ka qenë qytet mesjetar i ndërtuar në shekullin XI-XII në pikën ku del Drini nga malësitë. Përmendet si seli peshkopale e varur nga kryepeshkopata e Tivarit bë shekullin XI dhe si qendër e rëndësishme rrugore e doganore.

Deja zotëronte rrugën e karvaneve që shkonte nga Shkodra në Prizren dhe jepte të ardhura të rëndësishme që paguheshin aty për kalimin e Vaut të Dejës.

Nga fillimi i shekullit XIII qëndroi nën sundimin serb.

Me formimin dhe forcimin e principatës së Balshajve Deja u mor nën kontroll prej tyre. Më 1396, Gjergji II Strazimir Balsha ia kaloi Venedikut. Në vitet 1423-1443 kaloi dy herë në dorë të osmanëve. U çlirua prej tyre në 1443.

Deja është qyteti për zotërimin e të cilit u konfliktuan ashpër familjet feudale Dukagjini dhe Zaharia, konflikt që çoi në vrasjen e Lekë Zaharisë më 1445.

Pas vrasjes së tij, e ëma ia dorëzoi Dejën, Venedikut.

Kërkesa e Skënderbeut për ta marë në dorëzim shkaktoi luftë me Venedikun. Mbeti në duart e Venedikut deri në fillim të vitit 1479 kur u pushtua dhe u shkatërua nga osmanët. Prej atëherë nuk u rimëkëmb më.