Fatmir Xhafaj është emëruar nga Kryeministri Edi Rama si ministri i ri i Brendshëm, por nuk ka marrë detyrën për shkak se nuk është dekretuar nga Presidenti. Ende pa marrë detyrën në këtë post, ka shumë kundërshtime dhe denoncime ndaj Xhafajt, të cilin e akuzojnë se ka qenë hetues në kohën e komunizmit. Historia e Fatmir Xhafajt nuk mbyllet me kaq. Kur mbante postin e ministrit të Drejtësisë, deputeti socialist është akuzuar për disa shkelje. Në Qershor 2005, kur ishte ende Ministër i Drejtësisë, një grup punonjësish të Ministrisë së Drejtësisë, publikuan një letër të hapur, ku evidentonin të gjitha abuzimet me detyrën të Ministrit të Drejtësisë, ku përmenden:

1) Rritje të shpenzimeve administrative dhe blerjet bëheshin me 3-fishin e vlerës së tregut.

2) Kërkesa për ryshfet nga stafi i Ministrit në procedurën e prokurimit për sistemin e kamerave, sipas letrës që një kompani italiane i drejtonte Ambasadës Italiane në Tiranë.

3) Emërime nepotike në të gjitha sektorët kyç të administratës së drejtuar prej tij. Në drejtorinë juridike të Drejtorisë së Përgjithshme të Burgjeve, emërohet një i besuar i Ministrit, dhe menjëherë shtohen rastet e transferimeve në burgje, kundrejt një pagese korruptive deri në 1000 euro.

4) Shkarkon nga detyra 2 shefat e sektorit të shëndetësisë në DPB, për shkak se nuk pranuan të firmosin dokumentacionin që i siguronte lirimin një të dënuari nga Durrësi, për 11 vrasje, i cili pretendohet se kishte paguar për të fituar lirinë 200 mijë Euro.

5) Abuzime me tenderët, ku më flagrant është tenderi për burgun e Fushë-Krujës, të cilën e fiton firma K. D. K., shpk, ku Ministri ishte bashkëpronar.