Kolegji ILIRIA udhëhiqet nga Bordi i Kolegjit. Bordi i Kolegjit ILIRIA përbëhet nga profesorë të shquar vendorë, profesorë të Universitetit të Harvardit dhe nga profesorë të universiteteve tjera me renome botërore. Bordi i KI-së miraton politikat akademike, menaxheriale dhe partneritetet e Kolegjit ILIRIA. Anëtarët e Bordit luajnë gjithashtu një rol ambasadorial në mbështetje të Kolegjit ILIRIA. Pjesë e këtij Bordi janë personalitete akademike me një kontribut të shquar në zhvillimet arsimore, shkencore dhe kombëtare. Kryetar i Bordit të Kolegjit ILIRIA është Prof. Dr Nuri Bashota, anëtar i jashtëm i Akademisë së Shkencave të Kosovës.

Anëtarë të Bordit janë:

•    Prof.dr. Nuri Bashota – Kryetar i Bordit.

•    Dr. Janusz Szyrmer – Profesor në Universitetin e Harvardit, Pensilvani (SHBA), Universitetin e Oksfordit (Angli), Universitetin Qendror të Venecuelës dhe shumë universitete me renome botërore

•    Dr. Siegfrid Ladnorg – Profesor në Universitetin e Vienës – Austri

•    Dr. Moshe Landsman (Universiteti Ben Gurion, Izrael)

•    Dr. Bajram Pollozhani (Anëtar i Gjykatës Kushtetuese të Maqedonisë)

•    Dr. Jane Nicholson – SHBA (Prorektore e Kolegjit ILIRIA)

Anëtarë nderi të Bordit të Kolegjit ILIRIA:

•    Lartësia e Tij Princi Leka II Zogu është  Anëtar Nderi i Bordit të Kolegjit ILIRIA.

•    Akademik Aleksandër Stipçeviq, Ilirologu me fame botërore.

•    Nobelisti Ferid Murad, I njohur për kërkimet e tij në fushën e mjekësisë.

•    Omer Kaleshi, piktor me fame botërore.