Mësimet mbaheshin në gjuhën greke, kurse gjyshja Marie, e cila gjithnjë e dërgonte në shkollë, nuk dinte të fliste pos shqipes dhe një ditë, derisa po e ruante djalin, Fanin, e zu gjumi, kurse Fan Noli i drejtohet me këto fjalë: ”Tani, nëno, më mirë e ke të shkosh në shtëpi. Mund të rri këtu edhe pa ty!”

Fan Noli perhere ishte nxënës i mirë, edhe pse mësonte në shkollë greke.  Shkolla ishte gjashtëvjeçare dhe ai e kreu për katër vjet. Pastaj Nolin e dërguan në qytetin e Keshanit ku dëshmoi zgjuarsi dhe ishte më i miri nxënës. Për këtë kujdesej tashti i biri i gjyshit Mitrush. Pas kësaj Fan Stilian Noli vazhdoi vetë rrugën e shkollimit. Vazhdoi mësimin katërvjeçar në gjimnaz, dhe gjatë qëndrimit në gjimnaz përjetoi shumë gjëra që lidheshin me mësimin dhe njohuritë shkollore. Iu dha rasti, ta zëmë, të shihte tragjeditë e Shekspirit dhe shumë shfaqje të tjera teatrale dhe kjo i dha rast të shoqërohej me shumë artistë. Falë këtyre shoqërimeve me artistë përjetoi edhe disa momente që e afronin me teatrin dhe me dramaturgjinë. Një herë kur u sëmur sufleri, Noli e mori roli e tij dhe kjo i dha rast që të hynte falas në shfaqje. Në Adrianopojë, përkundër problemeve që kishte në jetën e shkollës, ai ishte nxënës më i mirë nga të gjithë, ai ishte nxënës i mirë, punonte për ta vazhduar dhe shkolluar vetën, sepse nuk kishte kurrfarë të ardhurash. Në gjimnaz prej shumë profesorëve e kishte njërin që e adhuronte e që i jepte lëndën e religjionit dhe të historisë, profesorin Athanasiadis. Ai ishte vërtet profesor i mirë dhe më i dashuri për Nolin, i cili e adhuronte dhe e respektonte, sepse ishte një intelektual me kulturë të gjerë. Ndodhi që profesorin ta  shkarkonin nga puna, kurse Noli mori për detyrë, bashkë me nxënës të tjerë, ta mbronte dhe organizuan një grevë. Drejtori i hodhi jashtë nga shkolla të gjithë grevistët dhe kërkoi që përmes lutjes shkrim të kërkonin falje. Dhe, Noli nuk pranonte ta nënshkruante një kërkesë të tillë, sepse mendonte se nuk kishte kurrfarë arsyeje me kërkue ndjesë me shkrim. Është interesant që me rastin e kësaj ngjarjeje ta shikojmë dialogun në mes Nolit dhe babait të tij: meqenëse shkollimi ishte me pagesë, babai e pyeti të birin: ”Ç’thua ti, ç’do të bënte Napoloni në një rast të këtillë! A do ta humbiste karrierën e tij duke refuzuar t’ju kërkojë ndjesë mësimdhënësve të vet?” Përgjigjja qe: ”Natyrisht, që jo”Atëherë i ati ia priti: ”Ashtu pra, nënshkruaje ndjesën, kaloje provimin dhe sillma dëftesën e diplomës”. Fan Noli e dëgjoi të atin. Këtu pra shihet respekti i tij i madh ndaj prindit të vet. Noli nuk kishte edukatorë, kishte vetëm prindërit e tij, por edhe më të afërmit, si bie fjala gjyshin e tij, Gjergjin. Kapidani i cili e edukonte, pavarësisht nga shkollimi në gjuhën greke, i thoshte se ne jemi shqiptarë e jo grekë.

Gjyshi i tij, Gjergji, merrte pjesë në të gjitha ceremonitë fetare dhe shkollore. Ai nuk dinte asnjë fjalë greqisht dhe gjatë procesit edukativ-mësimor ua sugjeronte të rinjce  me zë të lartë: “Shqip, ore, shqip! Na recitoni shqip, përndryshe s’marrim vesh asnjë fjalë!” Edukatori tjetër i Nolit ishte Xha Tas, i i cili lexonte shumë libra. Ai ia kishte propozuar Nolit që t’i lexonte dy librat që i kishte: “Dhjatën e re” në gjuhen shqipe nga Konstantin Kristoforidhi dhe tjetrin “Rrëfimi mbi Skënderbeun” në greqishte. Me të kryer të shkollës në vendlindje ai shkoi në Konsantinopojë. Kishte ndërmend të kërkonte punë dhe të vazhdonte studimet në Universitetin e Athinës. Shkuarja në studime ngjallte frikë se mos po humbasin djalin dhe gjyshja e Nolit thoshte: ”Kemi shumë frikë se do ta humbasim fëmijën…”. Noli pasi shkoi  nuk e pa më asnjëherë gjyshen, të cilën e donte tejet shumë. Noli më 1911 viziton bashkësinë shqiptare të Sofjes në Bullgari. Aty ndodhi një moment me rëndësi: Noli e mbajti Meshën se ishte shuguruar për prift, ngase babai i tij, Theofan Noli, ishte sëmurë. Pas një kohe e tërë familja e tij: ati, nëna dhe më vonë gjyshja vdiqën. Pas një kohe qëndrimi ai vazhdon rrugën në Athinë dhe shkon në zyrën e Athanasius Joanidisit, i cili ishte mësimdhënës i turqishtes me letër rekomande për të kërkuar punë. Joanidisi menjëherë ia gjeti punën (që në atë kohë gjendej mjaftë vështirë). Por Noli pa se nuk do të mund ta duronte ketë punë një kohë të gjatë dhe u detyrua të largohej. Pas një kohe njihet me një dramaturg që quhej Kamburollu, i cili kërkonte kopistë, sepse puna e tij konsistonte në atë që të përshkruante një komedi. Ajo komedi nuk kishte kurrfarë vlere, si thoshte Noli: “Komedia ishte më e mërzitshmja e llojit të vet, ndër ato që kishte lexuar ai”. Autori i saj u habit dhe mbeti mjaft i kënaqur me kaligrafinë e Fan Nolit….”

Një kohë Fan Noli punoi edhe si sufler, mirëpo ai sendërtoi ëndrrën e tij më të madhe, në mungesë të një aktori për shkak të sëmundjes, atij iu besua roli i Hamletit, të cilin e luajti për mrekulli dhe deri atëherë askush nuk kishe luajtur këtë rol kaq bukur. Mirëpo, aty nuk qëndroi shumë, u nda nga teatri se ishte punë e mundimshme, edhe pse “ndarja nga teatri e dërrmonte zemrën e tij”. Filloi të përkthente pjesë teatrore dhe përktheu “Armikun e popullit” të Ibsenit në greqisht dhe shumë pjesë të tjera teatrore. Kështu ai kishte marrë dhe mësuar një edukatë të shkëlqyer në letërsinë dramaturgjike.

Në Aleksandri kaloi një jetë të vështirë dhe shkoi në qytetin Shibin-el-Kom, ku takoi një pionier aktiv të Lëvizjes së Rilindjes Kombëtare Shqiptare: ai quhej Spiro Dine. Në vitin 1896 Noli takoi shumë shqiptarë, siç janë Nikolla Naço, president i shoqërisë “Dituria”, e cila nga viti 188I botonte revistën me të njëjtin emër në Bukuresht të Rumanisë.

Më 1901 Noli i shkruan Faik Konicës, që botonte në Bruksel gazetën “Albania”, se ai kërkonte një ndihmesë financiare, mirëpo Konica nuk iu përgjigj vetëm një herë, kur e këshillon duke thënë: “Fan Noli do të ishte më i dobishëm duke bërë propagandë ndër shqiptarët e Athinës”. Duhet theksuar se të gjithë patriotët shqiptarë, me të cilët korrespondonte Noli, ia jepnin të njëjtën përgjigje. Megjithatë ai kaloi ca vjet të mira në atë qytet, sepse kishte njohur një zonjushë, Euthalian, por lidhja e tyre nuk u realizua, për shkak se vëllai i saj nuk e lejonte të takohej me të. Noli prapë e kërkoi Euthalian për bashkëshorte, por prapë vëllai i saj, Athanausiusi, nuk e lejoi të martohej, sepse e pyeti Nolin çfarë plani ka. Ai i ishte përgjigjur se do të shkonte në Shtetet e Bashkuara të Amerikës, kurse vëllai i saj i thotë: ”Unë s’do ta lejoj motrën time të martohet me një aventurist”. Noli donte ta grabiste, siç ishte zakon në Ibrik Tepe, mirëpo Euthalia dhe e ëma nuk u pajtuan, kështu që puna e martesës mori fund me kaq.

Me 1905 Noli emërohet si mësues dhe si këngëtar në kishë në Fajum dhe aty njihet me dy entuziastë të Rilindjes Kombëtare Shqiptare me Tanas Tashkon dhe Jan Vruhon, të dy pronarë restorantesh, të cilët i ndihmuan ta botonte gazetën “Shkopi” me anë të së cilës mbrohej kauza e pavarësisë. Këta dy persona paguanin edhe botimin e gazetës “Shqipëria” të Sami Frashërit, që botohej greqisht, mirëpo Fan Noli e përktheu shqip. Këta të dy atdhetarë e binden Nolin që të shkonte në Amerikë dhe t’i organizonte atje mërgimtarët. Noli u pajtua dhe, pas shumë peripecish, më 10 maj 1901 shkoi në Nju-Jork. Aty hasi në shumë probleme të mërgimtarëve dhe filloi ta  organizonte jetën e tyre. I dha vetes detyrë që ta organizonte edhe Kishën Ortodokse Shqiptare dhe ta ndante nga kthetrat e Kishës Ortodokse të Konstatinopojës që kishte sunduar dymbëdhjetë shekuj. Fan Noli pos kësaj pune, bëri edhe punë të rënda në punishten e sharrimit të drunjve. Pas tre muajve e braktisi këtë punë, ngase Sotir Peci, njëri ndër pionierët e mëdhenj të Rilindjes Shqiptare, ia ofroi punën e ndihmësredaktorit të së përjavshmes “Kombi”. Mirëpo për punën që e bënte si ndihmësredaktori nuk merrte të holla por punonte punë të tjera të rënda. Pas Nju-Jorkut shkon në Boston, ku takoi një atdhetar tjetër, Bajo Topullin, dhe punoi me të, por edhe me të nuk i zgjati puna shumë, sepse nuk e paguante. Bajo Topulli u kthye në Europë e Fan Noli ngeli në Amerikë përsëri pa punë.

Në vitin 1907 vdes një djalë i ri, Kristo Thimi Dishnica, mirëpo prifti ortodoks nuk pranoi ta shërbente me pretekst se i riu kishte qenë patriot shqiptar dhe si i tillë qe përjashtuar nga kisha, kështu djaloshi u varros pa asnjë shërbim fetar. Ky incident shkaktoi një indinjatë të thellë dhe e thirrën Nolin që të pranonte këtë mision. Ai e pranoi, meqë ishte rasti i mirë që të punonte për kauzën shqiptare, pas shumë peripecive u shugurua më “9 shkurt të vitit 1908. Fan Nolit iu dorëzuar dhjak nga peshkopi sirian, Rafael Havavini, në kishën e Shën Nikollës në Pasifik-Strit nr. 301, Bruklin, Nju-Jork. Të dielën, më 8 mars 1908, në moshën njëzetegjashtëvjeçare, Fan Noli u dorëzua prift nga peshkopi Platon në Katedralen ruse të Shën Nikollës 15 Ist Strit, nr. 97, të Nju-Jork Sitit.

Në shugurimin e tij për prift morën pjesë, në suazën e një delegacioni, shokët e tij shqiptarë: Sotir Peci, botues i “Kombit”, Vangjell Miller nga Hadsoni i Masaçusesit, Spiridon Illo nga Bostoni dhe Gjergj Gushi nga Nju-Jork Siti”.

Noli e luti Atë Hotovickin të siguronte një komplet petkash për shërbime fetare dhe më 22 mars 1908 mbajti meshën e parë në shqipet në historinë e Kishës Orthodokse, me liturgjinë e përkthyer nga gjuha greke. Ai pastaj kreu shkollën e Lartë të mbrëmjes e më vonë u regjistruar edhe në Universitetin e Harvardit dhe më 1912 diplomoi me sukses të shkëlqyeshëm. Njëzet e gjashtë vjet më vonë, më 1938, e kreu Konservatoriumin e muzikës në Nju-Ingland dhe u specializua për kompozim. Më 1945 doktoroi në moshën 63-vjeçare në Universitetin e Bostonit për Historinë e Lindjes së Afërme të Rusisë.

Në këtë kohë filloi karrierën kishtare dhe më 24 mars 1918 u emërua administrator i Misionit Orthodoks Shqiptar në Amerikë, kurse më 17 nëntor 1918 dha përbetimin eremitar dhe fitoi shkallën e mitër arkimadridit nga peshkopi Aleksandër Nemollouski në Katedrale Ruse të Shën Nikollës, në Nju-Jork, kurse më 27 korrik 1919 Noli u emërua peshkop i Kishës Ortodokse Shqiptare në Amerikë.