I butë, i qeshur Kryepeshkopi Albino Luciani, një i huaj për parinë fetare romake, u zgjodh Papë në gusht 1978 si Gjon Pali I. Ai menjëherë tregoi përulësinë dhe thjeshtësinë e tij, duke refuzuar të veshë diademën e Papës ose të mbahet lart në karrigen papnore. Kështu që, erdhi si një goditje e rëndë kur ai vdiq më 28 shtator, pas vetëm 33 ditësh në detyrë, me sa duket nga ataku në zemër.
Dëshmi kontradiktore në lidhje me vdekjen e tij shpejt ngritën pikëpyetje për një mbulim nga ana e Vatikanit, ndoshta edhe vrasje. Së pari, është raportuar se trupi u zbulua nga sekretari i Papës, John Magee, rreth 05:30. Doli se ishte një murgeshë, motër Vincenza, që gjeti Papën në prehje, i qetë në shtratin e tij me disa materiale leximi në duar. Një sjellje e tillë nuk tregonte vdekjen nga ataku në zemër. Asnjë autopsi nuk është kryer ndonjëherë në trupin e Papës.
Papa, teorizohet, se në të vërtetë vdiq nga një dozë Digitalis, hedhur në ilaçin që ai ishte duke marrë për tensionin e ulët të gjakut. Pantoflat e syzet e zhdukura të Papës u larguan prej vendit, me sa duket për shkak se ishin njollosur nga të vjellat kur helmi nisi veprimin. Më vonë, zyrtarët shpjeguan se sendet i ishin marrë më parë nga motra e Gjon Palit.
Është spekuluar se Gjon Pali, i cili ishte i papëlqyer tashmë nga burokratët e Vatikanit, ishte gati për të pastruar Bankën e Vatikanit, të njollosur nga skandalet dhe lidhjet me krimin e organizuar. Kështu që disa e shohin me dyshim faktin që presidenti i bankës, Kryepeshkopi Paul Marcinkus, u pa të sorrollatej rreth rezidences së papës në një orë jashtëzakonisht të hershme në mëngjesin e vdekjes së Papës. Marcinkus e shtrembëroi këtë dëshmi, duke thënë se ai ishte një person që zgjohet herët gjithmonë. Dyshimi u përqendrua edhe tek sekretari e Papës, i cili mund të ketë të rregulluar trupin e Papës për ta bërë atë të duket sikur kish vdekur në mënyrë paqësore.